Κατά την τοποθέτηση καλυμμάτων φρεατίων στο κατάστρωμα, θα πρέπει γενικά να βρίσκονται κοντά στο κάτω διάφραγμα, με τον μακρύ άξονα του καλύμματος φρεατίων παράλληλο προς το διαμέρισμα, διευκολύνοντας την εγκατάσταση μιας ευθύγραμμης σκάλας κάτω από το φρεάτιο. Για ευκολία πρόσβασης και αερισμού του προσωπικού, οι μεγαλύτερες δεξαμενές υγρών και οι κενές δεξαμενές θα πρέπει να έχουν τουλάχιστον δύο καλύμματα φρεατίων σε απόσταση μεταξύ τους. Τα μεγαλύτερα διαμερίσματα εντός διπλού πυθμένα θα πρέπει να έχουν καλύμματα φρεατίων και στα δύο άκρα και, εάν είναι απαραίτητο, θα πρέπει να εγκατασταθεί ένα πρόσθετο κάλυμμα φρεατίου στο μέσον του μήκους του. Τα καλύμματα φρεατίων που βρίσκονται στο εσωτερικό δάπεδο πρέπει να απέχουν τουλάχιστον 800–1000 mm από το κύριο διάφραγμα για να αποφευχθεί η εξασθένιση της αντοχής του εσωτερικού δαπέδου κοντά στο κύριο διάφραγμα.
Είτε τοποθετούνται καλύμματα φρεατίων στο κατάστρωμα, παράλληλα, στο εσωτερικό δάπεδο ή στο διάφραγμα, η δομή του κύτους θα πρέπει να διατηρείται όσο το δυνατόν άθικτη. Εάν η διάταξη είναι δύσκολη και είναι αναπόφευκτη η κοπή της δομής του κύτους, θα πρέπει να εφαρμοστεί η κατάλληλη ενίσχυση. Τα καλύμματα φρεατίων δεν πρέπει να τοποθετούνται σε κρίσιμες περιοχές διασφαλίζοντας τη δομική αντοχή του κύτους, όπως άκρες καταστρώματος, γωνίες καταπακτής και περιοχές συγκέντρωσης τάσεων.
Όταν τα καλύμματα φρεατίων εγκαθίστανται σε δύο χαμηλότερα καταστρώματα ή πλατφόρμες, οι θέσεις τους πρέπει να κλιμακώνονται. Εάν ένα κάλυμμα καταπακτής βρίσκεται στο επάνω κατάστρωμα ή στην πλατφόρμα, το κάλυμμα φρεατίου στο κάτω κατάστρωμα ή στην παράλληλη πλατφόρμα δεν πρέπει να βρίσκεται εκτός της περιοχής προβολής του καλύμματος της καταπακτής.
